Auch wenn die Loisach mit ”die Liebliche” übersetzt wird, für die Wolfratshauser war sie in früheren Zeiten oft ein reißender Strom. Ihr Wasser wurde im Alltag zum Putzen, Waschen und für die kleinen Gärten gebraucht, entlang der Loisach siedelten sich Gewerbe wie die Hammerschmiede und die Glashütte an, die Häuser im Markt hatten zur Loisach ihre Gärten und Wiesen. Von der Andreasbrücke kann man noch heute die Gartenzugänge vom Untermarkt zur Loisach sehen.
Allerdings suchten auch regelmäßig große Überschwemmungen den Markt heim, ganze Straßen wie der Obermarkt, die Johannisgasse und die Königsdorfer Straße standen unter Wasser, am Buckhaus (Johannisgasse 8) kann man die Hochwassermarkierung der Jahre 1899, 1910 und 1940 sehen. Durch den 1929 fertig gestellten Verbindungskanal zwischen Loisach und Isar und den Bau des Sylvensteinspeichers (1959) wurde die Stadt gegen neue Hochwasser gesichert.
Im Zuge der städtischen Entwicklung Wolfratshausens wurde die Loisach mehrfach verändert und begradigt. Noch heute erinnern Straßennamen wie Floßkanal, Hammerschmiedweg an diese Vergangenheit. Um die Wasserkraft zu nutzen und die Loisach zu regulieren wurden schon frühzeitig Wehre gebaut. Das Floßmeisterwehr (auch Besenbräuwehr genannt) leitete einen Teil des Loisachwassers in den Floßkanal, auf diesem konnten die Flöße das Kastenmühlwehr. Dieses Kastenmühlwehr entstand wahrscheinlich zur gleichen Zeit wie die Burg, hier wurden Steuern in Form von Naturalabgaben abgeliefert (ab 1384 schriftl. überliefert). Im 20. Jahrhundert nahm die Mühle unterhalb des Wehres einen großen wirtschaftlichen Aufschwung als Getreidemühle. Das heutige Wehr wurde in den 80er Jahren des 20. Jahrhunderts neu gestaltet, eine Floßrutsche wurde eingebaut.
Neben der früheren Weidacher Mühle, in der nun ein Gewerbepark entstanden ist, wird weiterhin (wie seit 1898) Elektrizität erzeugt. Die Flößer auf der Loisach und dann weiter auf der Isar sind ein alter Wirtschaftszweig.1167 wird in einer Urkunde bereits ein Floßpfennig erwähnt. Auf den Flößen wurden Kalk, Holzkohle, die Importgüter Wolle, Seide, Wein, Rosinen aber auch lebende Tiere wie Rinder, Schweine, Geflügel transportiert. Ziele waren neben München und Passau auch Wien und sogar Budapest. Saison für die Flößer war von März bis November, im Winter arbeiteten die Floßknechte bei Waldbauern oder Brauereien.
Im 15. Jahrhundert zählte man täglich bis zu 10 Flöße an der Wolfratshauser Lände, der Höhepunkt der Flößerei wurde 1848 mit 5800 Flößen im Jahr erreicht. Mit dem Aufkommen des Automobils und dem Bau der Isartalbahn 1891 kam die Flößerei jedoch nach und nach zum Erliegen. Nach 1890 bekamen die Floßfahrten Vergnügungscharakter, die Flöße fuhren von der Floßlände an der Johannisbrücke bis nach München, später legte man an der Weidacher Lände ab. Nach dem 2. Weltkrieg erlebten diese Floßfahrten eine 2. Blüte, jährlich fahren jetzt etwa 950 Flöße nach München an die Lände in Thalkirchen. In Mitteleuropa ist dies die einzige Strecke, auf der es Personenbeförderung durch Flöße gibt. Zur Erinnerung an die alte Flößertradition feiert die Flößerstadt Wolfratshausen alle 3 Jahre die Johanni-Floßprozession. Der einmalige Brauch lockt im Mai Tausende Schaulustige an das Loischufer.
